Szkoła Podstawowa Nr 3 im. Marynarzy Polskich w Kołobrzegu prowadzi gospodarkę finansową na zasadach jednostki budżetowej, rozliczającej się z budżetem Gminy Miasta Kołobrzeg. Szkoła Podstawowa Nr 3 im. Marynarzy Polskich dysponuje powierzoną w nieodpłatny zarząd nieruchomością przy Łopuskiego 15 w Kołobrzegu, stanowiącą własność komunalną Gminy Miasta Kołobrzeg. Szkoła nie posiada osobowości prawnej, a za jej zobowiązania odpowiada budżet Gminy Miasto Kołobrzeg.